Ubytki naturalne powstają w konsekwencji zmniejszenia ilości, ciężaru, objętości składników zapasów na skutek określonych fizycznych właściwości tych składników, w związku z ich przechowywaniem, transportem lub obrotem gospodarczym. Chodzi tu w szczególności o składniki podlegające wysychaniu, topnieniu, rozmrażaniu, wietrzeniu, wyciekaniu, rozdrabnianiu, rozlewaniu itp. Ubytki te określa się normą lub limitem.